واحد مبارزه با بیماریهای واگیر بر پایه علم اپیدمیولوژی، مراقبت در برنامه‌های پیشگیری و مبارزه با بیماریها را انجام می‌دهد. مراقبت به معنای موشکافی و دقت مداوم در عوامل تعیین کننده بروز و انتشار بیماریها و سایر شرایط ناخوشی می‌باشد و با جمع‌آوری مداوم و منظم، تجزیه و تحلیل و تفسیر داده‌های بهداشتی در فرآیند توصیف و پایش سلامتی جامعه را بعهده دارد. اهداف این مراقبت شامل پایش سیر بیماری که به طراحی برنامه‌ای مطابق با شرایط جدید بیماری منجر می‌شود، تعیین گروههای در معرض خطر بیماری و مرگ برای بیماریهای دارای اولویت، ارزیابی تأثیر فعالیت‌های پیشگیری و درمان بر میزان بروز و شیوع، تعیین اولویت‌های موجود در بین فعالیت‌های کنترل بیماری و کمک به تعیین هویت و انجام پژوهش و کنترل اپیدمی‌ها می‌باشد.

بیماریهای واگیر مشمول مراقبت در کشور شامل:

- بیماریهای قابل پیشگیری با واکسن: دیفتری، کزاز، سیاه‌سرفه، هپاتیت، فلج اطفال، سرخک و مننژیت

-  ایدز و بیماریهای  آمیزشی منتقله از طریق تماس جنسی مانند: سفلیس

- بیماریهای مشترک بین انسان و حیوان: بروسلوز، هاری، لیشمانیوز، سیاه‌زخم، کیست هیداتیک، تب‌های خونریزی دهنده کریمه کنگو، لپتوسپیروز و ...

- بیماریهای انگلی و روده‌ای: وبا، تیفوئید، اسهال خونی، بوتولیسم و ...

-  بیماریهای منتقله از ناقلین: مالاریا

-  سل، جذام و آنفلوآنزا می‌باشد.