واحد مبارزه با بیماری های واگیر بر پایه علم اپیدمیولوژی، مراقبت در برنامه‌های پیشگیری و مبارزه با بیماری ها را انجام می‌دهد. مراقبت به معنای موشکافی و دقت مداوم در عوامل تعیین کننده بروز و انتشار بیماری ها و سایر شرایط ناخوشی می‌باشد و با جمع‌آوری مداوم و منظم، تجزیه و تحلیل و تفسیر داده‌های بهداشتی در فرآیند توصیف و پایش سلامتی جامعه را بعهده دارد. اهداف این مراقبت شامل پایش سیر بیماری که به طراحی برنامه‌ای مطابق با شرایط جدید بیماری منجر می‌شود، تعیین گروه های در معرض خطر بیماری و مرگ برای بیماری های دارای اولویت، ارزیابی تأثیر فعالیت‌های پیشگیری و درمان بر میزان بروز و شیوع، تعیین اولویت‌های موجود در بین فعالیت‌های کنترل بیماری و کمک به تعیین هویت و انجام پژوهش و کنترل اپیدمی‌ها می‌باشد.
بیماری های واگیر مشمول مراقبت در کشور شامل:
- بیماری های قابل پیشگیری با واکسن: دیفتری، کزاز، سیاه‌سرفه، هپاتیت، فلج اطفال، سرخک و مننژیت
- ایدز و بیماری های آمیزشی منتقله از طریق تماس جنسی مانند: سفلیس
- بیماری های مشترک بین انسان و حیوان: بروسلوز، هاری، لیشمانیوز، سیاه‌زخم، کیست هیداتیک، تب‌های خونریزی دهنده کریمه کنگو، لپتوسپیروز و ...
- بیماری های انگلی و روده‌ای: وبا، تیفوئید، اسهال خونی، بوتولیسم و ...
- بیماری های منتقله از ناقلین: مالاریا
- سل، جذام و آنفلوآنزا
