امروزه نظام اطلاعات مناسب، ابزاری مهم برای مدیریت و تصمیم‎گیری در همه سازمان‏ها از جمله نظام سلامت کشور محسوب می شود. داشتن اطلاعات به هنگام و معتبر که در یک نظام مستمر جمع‌آوری می‎شود، ضمن اینکه عملیات جاری سازمان را تسهیل و تسریع می‎کند،‌ توانایی و مداخلات مدیریتی و حل مشکلات سازمانی را نیز فراهم می‎سازد. نظام اطلاعات جاری سلامت یکی از مهمترین منابع اطلاعات سلامت است و مهمترین اهدافی که در این نظام توسط گروه آمار معاونت بهداشتی دنبال می شود، عبارتند از:

- ارتقای کیفیت آمارها و شاخص‎های سلامت

- امکان دسترسی آسان به اطلاعات در تصمیم‎گیری‌های نظام مراقبت بهداشتی

- بکارگیری فناوری نوین اطلاعات در مدیریت اطلاعات سلامت

- توانمندسازی مدیران و کارشناسان در عرصه نظام سلامت

- ترویج بکارگیری پژوهش‎های کاربردی در حل مشکلات سلامت